巨噬细胞广泛分布于各种组织。如前文所述，不同组织的巨噬细胞来源并不相同，一部分来自胚胎卵黄囊和胎肝，另一部分来自后期的单核细胞分化。事实上，关于巨噬细胞的功能和来源，正处在非常前沿的研究过程中，这部分的认知也在不断刷新。
巨噬细胞作为固有免疫中的重要细胞组分，能对入侵病原体做出反应，吞噬和消化病原体，也可以参与清除受损、衰老的细胞，通过抗原提呈参与激发适应性免疫。但是巨噬细胞除了在对抗疾病中发挥作用外，也与慢性疾病（包括动脉粥样硬化、哮喘、炎症性肠病、关节炎等）、自身免疫性疾病（包括类风湿性关节炎、多发性硬化症）、糖尿病、肿瘤的发生发展相关。
巨噬细胞根据其所处部位，可以将巨噬细胞分为小胶质细胞、肝脏Kupffer细胞、肺泡巨噬细胞、肾脏系膜细胞、破骨细胞、脾脏红髓巨噬细胞、脂肪组织相关巨噬细胞等。它们除了执行吞噬和免疫防疫功能外，也参与组织重塑和维持组织稳态。此外，它们可能在不同的组织中执行特定的功能，例如小胶质细胞在脑组织中发挥免疫监视、清除死亡神经元、突触重塑的功能，破骨细胞从骨基质中吸收有机物和矿物质，脾脏中的红髓巨噬细胞能清除衰老的红细胞、调节铁代谢等。
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